Acabo de leer una teoría interesante:
Traducido de MangaHelpers
Yo creo que es genjutsu por esta página:
http://www.onemanga.com/Naruto/423/13/
Kakashi sabía que no lo lograría a tiempo y uso un genjutsu para crear un backup plan.
Entonces la siguiente escena Pain está observando un Kagebunshin que morirá o al menos será golpeado el próximo capitulo.
http://www.onemanga.com/Naruto/423/16/
ndt: para mi tiene sentipo porque explicaria el salto temporal en la pelea.